ベルツ賞は、日独両国間の歴史的な医学関係を回顧すると共に、両国の親善をさらに深め日本における医学会の研究活動を支援する目的で、1964年にドイツの製薬会社ベーリンガーインゲルハイムによって設立された賞で、日本の近代医学の発展に大きな功績を残したドイツ人医師ベルツ博士の名を冠してエルウィン・フォン・ベルツ賞と名付けられました。ベルツ博士はライプチヒ大学講師の職をなげうって1876（明治9）年に来日し、現在の東京大学医学部の前身である東京医学校で教鞭をとられ、数多くの優れた日本人医学者を育てると共に、公衆衛生面では日本の防疫事業の基礎を築くために尽力され、近代日本の黎明期に西洋医学を導入した指導者の一人であります。
学術論文募集要項にもありますように、本賞は毎年常任委員会の定めるテーマについての医学論文を募集し、優秀な論文に対して贈呈されます。論文の選考は常任委員の他に毎年のテーマに関連した専門分野から若干名の専門委員が加わり、全員の合同協議によって公正に行われます。